与沼气制备这一较为成熟的技术一样，同属生物质能的其他产能方式也都面临着挫折和坎坷。
与人争粮
21世纪初，中国给生物质能的发展注射了一针“强心剂”。
由于中国在1998年和1999年的粮食产量超过5亿吨，导致了库存剧增。粮食长期储藏后变成陈化粮，无法食用，只能用作工业原料。为了解决这一问题，也缓解中国石油资源短缺、依赖进口的状况，2000年8月，国家经贸委布置开展研究乙醇汽油的任务。
在“十五”期间，中国共建设了4家生物燃料乙醇生产厂：黑龙江华润酒精有限责任公司、吉林燃料乙醇有限责任公司、河南天冠燃料乙醇有限公司、安徽丰原生化股份有限公司。
“这些企业生产了102万吨生物乙醇。之后，中国便没有以粮食为原料进行大规模的生物质能生产。”国家发改委能源研究所研究员秦世平告诉记者。
随着陈化粮的耗尽，生物质能改为以新玉米为生产原料，这导致2006年中国首次出现了玉米和小麦的价格倒挂，即玉米价格超过了小麦。对此，中国政府开始为生物质能的发展降温。2006年开始，国家发改委关于燃料乙醇发展的一系列表态中，将发展方向转到了非粮生产。2007年7月，农业部出台了《农业生物质能产业发展规划（2007年－2015年）》，明确提出始终要把保障国家粮食安全作为农业发展的第一任务，开发能源作物应坚持“不与人争粮、不与粮争地”的前提。
而由于国际粮价上涨，国际上叫停生物质能的声音也此起彼伏。2008年4月，联合国国际农业研究磋商小组的粮食专家发出呼吁，要求停止使用以粮食为原料的乙醇类生物能源，以缓解日益严重的全球粮食危机。联合国食物权问题特别报告员让·齐格勒认为，以当前的方式来生产生物燃料，是一种“无法容忍的犯罪行为”，他向联大人权理事会提出，应在5年内实现完全禁止这种燃料转化。
联合国政府间气候变化专门委员会（IPCC）主席拉津德·帕乔里（Rajendra Kumar Pachauri）也曾于2008年表示：“生物燃料对粮食生产有重大的影响，并可能对整体粮食安全造成影响，因此我们在提出生物燃料解决方案时，必须非常、非常小心。”
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